Além de sua indispensável característica que é a de identificar quem é o faturista que está realizando a operação, o que permite à empresa possuir mais de um certificado credenciado para realizar o faturamento (você pode emitir quantos certificados você quiser no mesmo CNPJ), ele também foi projetado para atender grandes volumes de validações, ou seja, a emissão de muitas notas fiscais por dia. Devido a isso, a estrutura que ele utiliza é mais robusta para verificação e validação dos campos da NF-e, que é a razão pela qual o eNF-e é mais caro que o e-CNPJ.
Como ele foi criado exclusivamente para emissão de notas fiscais, você não poderá acessar, por exemplo o e-CAC da Receita Federal, nem a Conectividade Social (FGTS).